Kościół zbudowano przy parku dworskim oraz głównej drodze do Gdańska, w niewielkim oddaleniu od wsi i starego dworu, z którym łączyła go piękna aleja grabowo-lipowa. W pobliżu powstał parafialny cmentarz. W okresie międzywojennym tuż obok kościoła przebiegała granica Polski i Wolnego Miasta Gdańska. Gdy armia niemiecka wkroczyła do Gdyni, świątynia została zniszczona. Po latach bezskutecznie podejmowano próby jej odbudowy. W 1999 roku udało się jedynie odsłonić zarys fundamentów kościoła oraz tablicę pamiątkową.
Historia świątyni sięga 1764 roku, kiedy to właściciel Kolibek – hrabia Józef Antoni Przebendowski, chorąży pomorski, ufundował mały kościółek pod wezwaniem św. Józefa, który stał się filią parafii w Wielkim Kacku. Pierwotnie fundator planował, iż będzie on częścią dużego założenia sakralnego, w którego skład miał wejść klasztor ojców kapucynów lub reformatorów. Tak ambitnych planów nie udało się zrealizować, ale zaprojektowana ze smakiem i bogato wyposażona świątynia na długie dziesięciolecia stała się charakterystycznym elementem krajobrazu Kolibek.
Osłonięcie miniatury odbyło się w ramach projektu „Zobaczyć świat rękoma”, dzięki porozumieniu klubów Rotary Gdynia, Gdynia Orłowo oraz Gdańsk-Sopot-Gdynia, a także Lions Club Gdynia, OPEC sp. z o.o., PEWiK Gdynia i ZMPG SA.